Matthias Warnecke ist seit 1999 beim Landschaftsverband Westfalen-Lippe (LWL) tätig und leitet seit 2018 das Referat für Fach- und IT-Prüfungen im Rechnungsprüfungsamt (LWL-RPA). Die Weiterentwicklung der örtlichen Rechnungsprüfung mit Blick auf die Digitalisierung sowie auf die Herausforderungen von Führungskräften stehen im Mittelpunkt seines beruflichen und wissenschaftlichen Interesses. Seit 2019 ist er Dozent beim "Institut der Rechnungsprüfer e.V. (IDR)" und seit Januar 2025 dessen Vorstandsvorsitzender. Außerdem ist er am Institut für Arbeitswissenschaft der Ruhr-Universität Bochum als nebenberuflicher Lehrbeauftragter mitverantwortlich für das Modul "Digitalisierung der Verwaltung" im Masterstudiengang "Organizational Management".